A puritán építmény, melynek komor dór oszlopai őrzik a bejáratot az egyszerű timpanon alatt, a hazai klasszicista építészet egyik jeles alkotása. A kápolna Hild József tervei alapján készült, akárcsak a hozzá kapcsolódó kórházrész valamint a fürdő is.
A környék, vagyis a mai Frankel Leó út, már a római korban is híres volt különféle gyógyforrásairól. A török hódoltság idején egészen biztosan virágzott errefelé a fürdőkultúra, mivel erre a célra szolgáló különféle épületeket is emeltek. Aztán a reformkorban újabb építkezés kezdődött a források kihasználására, és a környék népszerű fürdővárossá változott.
1841-ben a Császár Fürdő újjáépítésekor a régi kápolnát lebontották. Az új kápolna munkálatait, a csatlakozó kórházépülettel együtt, Hild József tervei alapján kezdték el. Így jött létre a ma is látható, egyszerű vonalvezetésű, komoly kápolnaépület, a középen elhelyezkedő toronnyal, a timpanonnal, és a bejárat dór oszlopaival. Sajnos a kápolna a második világháború alatt komolyabban is megsérült. A főhomlokzat déli sarka a timpanon egy részével leomlott, és ezt később csak nyers téglából falazták vissza. Az irgalmas testvérek elűzése után a kápolna helyiségét még a kórház épületétől is elválasztották egy fallal.
A homlokzat helyreállítására csak 1959-60-ban került sor. Pfannal Egon irányításával folytak a munkálatok. A megrokkant portikusz szerkezetét pedig Heincz László restaurálta.
A belső tér átalakítására végül 1977-ben került sor Borsos Miklós tervei alapján. A kápolnában a művész alkotásait is elhelyezték. A szentély hátsó falán látható a feszület, mellette Szűz Mária és Szent János szobra.
A régi oltárkép jelenleg a jobb oldali falon látható. A festmény 1848 körül készült, és Szent Istvánt ábrázolja, ahogy felajánlja a koronát Szűz Máriának.
1995. március 8-án, Istenes Szent János születésének ötszázadik évfordulóján helyezték el a rendalapító bronzszobrát a jobboldali mellékoltáron. A szobor Törley Márta szobrászművész alkotása.
A kápolna érdekessége még, hogy a bejárat mellett elolvashatjuk a Pio atyának tulajdonított sorokat is, a híres „jövendölést” Magyarország sorsával kapcsolatban.
